Le dépistage précoce du cancer reste un défi majeur dans la prise en charge de cette maladie. Ces dernières années, les biopsies liquides ont suscité un intérêt considérable grâce à leur caractère non invasif et leur haute sensibilité. Cependant, les techniques de détection actuelles reposent souvent sur un séquençage ciblé en profondeur, limitant l'intégration de plusieurs types de données et impactant ainsi la sensibilité et la spécificité.
Pour pallier ce manque, une équipe de chercheurs de l'Université d'Oxford a mis au point une nouvelle méthode de détection multimodale de l'ADN tumoral circulant (ctADN) basée sur le séquençage TAPS (TET-assisted pyridine borane sequencing) du génome entier. Le principal atout de cette méthode réside dans son aptitude à analyser simultanément les données génomiques et d'épigénétique (méthylation), permettant d'atteindre une sensibilité de 94,9 % et une spécificité de 88,8 % dans le diagnostic du cancer. Cette avancée technologique ouvre de nouvelles perspectives pour le dépistage précoce du cancer et la stratification des patients.
Cette étude, intitulée « Multimodal cell-free DNA whole-genome TAPS is sensitive and reveals specific cancer signals », a été publiée le 8 janvier 2025 dans la revue Nature Communications. Le contexte de la recherche souligne que, bien que le dépistage précoce du cancer soit crucial pour améliorer le pronostic des patients, les méthodes de dépistage actuelles ne couvrent pas plus de 30 % des types de cancer et beaucoup nécessitent des examens invasifs, ce qui limite leur acceptation. Les techniques de dépistage précoce multi-cancers, bien qu'offrant un dépistage non invasif, présentent souvent un taux de faux positifs élevé chez les personnes asymptomatiques, ce qui restreint leur utilisation.
La technique TAPS de l'équipe d'Oxford, quant à elle, utilise une méthode non destructive qui maintient une sensibilité élevée même à faibles concentrations de ctADN. Les chercheurs ont validé la précision de cette méthode sur plusieurs types de cancer en effectuant un séquençage en profondeur sur des échantillons de 61 patients cancéreux et de 30 témoins non cancéreux.
L'équipe a également développé un processus d'analyse de données multimodales intégrant les variations du nombre de copies, les mutations somatiques et les signaux de méthylation afin d'améliorer la sensibilité de la détection du ctADN. Les résultats montrent que, sur des échantillons cliniques, cette méthode atteint une sensibilité de détection de 85,2 %, nettement supérieure aux résultats obtenus avec une seule modalité de données.
Bien que cette méthode présente des avantages significatifs pour le dépistage précoce du cancer et le suivi post-opératoire, son application pratique reste confrontée à des défis, tels que le coût élevé du séquençage et les ressources limitées dans les contextes cliniques. Les recherches futures pourraient viser à optimiser les techniques de séquençage afin d'élargir son applicabilité à un plus grand nombre de types de cancer.
