METAGENE-1 es un modelo base de metagenoma desarrollado en colaboración por investigadores de la Universidad del Sur de California, Prime Intellect y el Observatorio de Ácidos Nucleicos. Este modelo cuenta con 7 mil millones de parámetros y ha sido entrenado con 1,5 billones de pares de bases de secuencias de ADN y ARN procedentes de muestras de aguas residuales humanas. La principal función de METAGENE-1 es ayudar en aplicaciones de salud pública, como la monitorización de epidemias, la detección de patógenos y la detección temprana de amenazas sanitarias emergentes. Sus ventajas radican en su capacidad para capturar la distribución completa de la información genómica en el microbioma humano, y en su potente capacidad de generalización.