AlphaFold3，简称AF3，是DeepMind团队在蛋白质结构预测领域的最新力作。它不仅能够预测单个蛋白质序列的结构，还能预测蛋白质复合体、核酸或小分子的结构。这就好比，你给AF3一个蛋白质的“食谱”，它就能“烘焙”出这个蛋白质的三维结构。
AF3的架构复杂精妙，但别怕，一张图就能帮你理清头绪。整个模型可以分为三大部分:
输入准备:将蛋白质序列转化为数值张量，并检索出具有相似结构的分子。
表示学习:利用多种注意力机制更新这些表示。
结构预测:使用条件扩散模型预测蛋白质结构。
每一步都像是在绘制一幅精细的画作，AF3通过层层叠加，最终呈现出蛋白质的三维结构。
在AF3的世界里，每个分子都有自己的“语言”。无论是蛋白质、DNA、RNA还是小分子，AF3都能将它们转换成一系列数值张量。这就像是给每个分子一个独特的“身份证”，让AF3能够识别和处理它们。
AF3中的表示学习部分，就像是一场精心编排的舞蹈。通过注意力机制，AF3能够让模型的“视线”在分子的不同部分间游走，捕捉它们之间的关系。这不仅包括了分子内部的相互作用，还包括了分子间的相互作用。
在AF3的结构预测部分，条件扩散模型扮演了关键角色。它从一系列随机噪声开始，逐步“去噪”，最终恢复出蛋白质的真实结构。这个过程就像是从一团迷雾中，逐渐揭示出隐藏的真相。
AF3的训练涉及到了多种损失函数和信心头，它们共同作用，让AF3能够更准确地预测结构，并且评估自己的预测有多可靠。这就像是给AF3装上了一面镜子，让它能够自我反省和提升。
参考资料：https://elanapearl.github.io/blog/2024/the-illustrated-alphafold/